趋化因子受体5 Δ32 突变在中国20个民族群体中
趋化因子受体5(chemokine receptor 5,CCR5)是一种G蛋白偶联受体[1],CCR5主要表达于巨噬细胞、单核细胞、记忆性T细胞和树突状细胞表面,其在病原感染后调节免疫细胞的激活和迁移中起到了重要的作用[2]。研究发现,CCR5是人和猴免疫缺陷病毒(human and simian immunodeficiency virus,HIV and SIV)的主要辅助性受体之一,CCR5基因位于人染色体3q21.3。迄今为止,在CCR5基因上发现了大约96种突变[3],其中以CCR5Δ32突变的研究最为广泛。CCR5Δ32(即rs333)是指CCR5基因编码区第185位氨基酸密码子之后(554nt-585nt)发生了32个碱基的缺失,导致开放读码框(open reading frame, ORF)错位,造成了翻译的提前终止,在细胞膜表面产生截短的、无功能的穿膜蛋白,从而使的HIV-1的包膜蛋白gp-120不能与CCR5有效结合,从而阻止了HIV-1进入细胞[4]。携带CCR5Δ32突变纯合子的个体对HIV-1感染有明显的抵抗性,携带CCR5Δ32杂合子个体也表现出明显的获得性免疫缺陷综合症(acquired immune deficiency syndrome, AIDS)进程减慢[5]。有研究报道,通过移植携带CCR5Δ32突变纯合子的造血干细胞后,先后有2例AIDS患者体内的HIV病毒清除[6],另外也有使用CCR5拮抗剂如Maraviroc对AIDS进行治疗的方案,可见,CCR5已成为治疗AIDS研究的最佳靶点之一。在全世界范围内CCR5Δ32突变的分布具有明显的地理特征,不同群体中的分布频率差异很大:在非洲、美洲印第安人、东亚人及南亚人中频率极低或者缺乏,欧洲人群CCR5Δ32突变的平均频率为10%,呈现出由北到南逐渐降低的趋势[7]。本文旨在观察CCR5Δ32突变在中国20个不同民族群体中的分布情况,了解CCR5Δ32突变在中国人群中的扩散特征。
1对象与方法
1.1研究对象
根据“知情同意”的原则,纳入中国20个不同民族群体,共计2 788例健康无关个体作为研究对象(表1),所有研究对象自述3代之内均来自同一民族群体,年龄30~75岁。
1.2方法
1.2.1DNA提取 采集研究对象外周静脉血2 mL,EDTA抗凝,用AxyPrep血基因DNA组试剂盒(Axygen,中国)提取基因组DNA,并用超微量紫外分光光度计(ND-2000,美国ThermoFisher公司)检测DNA的浓度和纯度。
Δ32等位基因检测 参考文献设计CCR5Δ32等位基因的扩增引物:正向引物为5′-CTCGGATCCACCAGATCTCAAAAAGAAGGTCT-3′,反向引物为5′-CTCGTCGACATGATGTGTAAGATAAGCCTCAC-3′(引物由Invitrogen公司合成)。10 μL PCR扩增反应体系包含2×PrimeSTAR MAX Premix (TaKaRa,大连) 1 μL、20 ng基因组DNA及每条引物10 pmol/L。PCR扩增条件:98 ℃预变性5 min,98 ℃变性10 s、55 ℃退火5 s、72 ℃延伸5 s,35个循环;72 ℃延伸5 min。PCR产物经2.5%琼脂糖凝胶电泳,溴化乙啶染色,紫外凝胶电泳成像系统成像并分析结果。根据PCR产物的大小和NCBI中报道的CCR5基因的序列,检测个体的基因型判定:野生型纯合子(rs333 wt/wt)为一条242 bp的片段、突变型纯合子(rs333 mt/mt)为一条210 bp的片段、杂合子(rs333 wt/mt)包括242 bp和210 bp的2条片段。对研究对象的CCR5Δ32(rs333-mt)等位基因进行计数,并计算各群体CCR5Δ32突变的频率。
Δ32等位基因的测序验证 PCR产物分别使用QIAquick PCR Purification Kit (Qiagen,德国)PCR产物纯化回收试剂盒对CCR5Δ32等位基因的PCR产物进行纯化回收,并以PCR引物(F: 5′-CTCGGATCCACCAGATCTCAAAAAGAAG
GTCT-3′)作为测序引物,使用BigDye V3.1(ABI,美国)测序试剂盒进行测序反应,并在ABI3730测序仪上进行序列测定。测序结果用DNAstar软件的Clustal W模块进行序列比对,参考序列为(NC_)。
2结果
2.1CCR5Δ32等位基因的PCR产物电泳
2.5%琼脂糖凝胶电泳结果显示(见图1),野生型纯合子(rs333 wt/wt)为一条242 bp的片段、杂合子(rs333 wt/mt)为242 bp和210 bp的2条片段,本研究中未检测到突变纯合子(rs333 mt/mt)。
2.2CCR5Δ32等位基因的测序验证
分别将等位基因rs333-wt和rs333-mt进行测序验证(见图2),测序结果用DNAstar软件的Clustal W模块进行序列比对,发现rs333-mt等位基因与rs333-wt等位基因相比缺失了32个核苷酸,缺失序列为GTCAGTATCAATTCTGGAAGAATTTCCAGACA。
注:DL2000为DNA分子标记,第6泳道为杂合子(rs333 wt/mt),其余泳道为野生型纯合子(rs333 wt/wt)的PCR扩增产物。
注:rs333wt为野生型等位基因,rs333 mt为突变等位基因。
2.3中国20个不同民族CCR5Δ32基因突变
检测中国20个不同民族共计2 788个健康个体的CCR5Δ32基因突变情况。结果发现,在鄂温克族检测到1例CCR5Δ32基因突变杂合子(rs333 wt/mt),CCR5Δ32突变频率为1.25%;回族(宁夏)检测到1例CCR5Δ32基因突变杂合子(rs333 wt/mt),CCR5Δ32突变频率为0.68%;塔吉克族检测到1例CCR5Δ32基因突变杂合子(rs333 wt/mt),CCR5Δ32突变频率为1.11%;云南汉族人群中检测到2例CCR5Δ32基因突变杂合子(rs333 wt/mt),CCR5Δ32突变频率为0.04%;其余群体中均未检测到CCR5Δ32基因突变。见表1。